Obligaciones fiscales de autónomos y pymes

Las obligaciones fiscales de autónomos y pymes no se limitan a pagar impuestos: hay que darse de alta correctamente, facturar con todos los requisitos, retener cuando toca, presentar autoliquidaciones trimestrales y declaraciones informativas anuales, y hacerlo dentro de plazo. Un olvido cuesta dinero en forma de recargos, intereses o sanciones.

En esta guía reunimos, en un solo sitio, el calendario fiscal con los modelos más habituales, las reglas del IVA y de las retenciones, qué debe llevar una factura, cómo recuperar el IVA de las facturas que no te pagan y qué hacer si llegas tarde o no puedes pagar. Al final encontrarás las novedades que llegan con VeriFactu y la factura electrónica obligatoria.

Antes de presentar ningún impuesto hay unas obligaciones de base que conviene tener en orden:

• Alta censal (modelo 036). Comunica a Hacienda el inicio de la actividad, el epígrafe del IAE, los impuestos a los que estás sujeto y cualquier cambio posterior (domicilio, régimen de IVA, alta de trabajadores, local alquilado, cese). El antiguo modelo 037 simplificado quedó suprimido el 3 de febrero de 2025, así que ahora todo se hace con el 036.
• Libros registro. Los autónomos en estimación directa llevan libros de ingresos, gastos y bienes de inversión, además de los libros registro de facturas expedidas y recibidas del IVA. Las sociedades llevan contabilidad conforme al Código de Comercio y el Plan General Contable, además de los libros del IVA.
• Conservación. Guarda facturas y justificantes al menos durante el plazo de prescripción fiscal (4 años) y, en el caso de la contabilidad mercantil, 6 años.
• Notificaciones electrónicas. Las sociedades (y el resto de personas jurídicas) están obligadas a recibir las notificaciones de la AEAT por vía electrónica. Si no accedes a una notificación en 10 días naturales, se entiende practicada. Revisa la sede electrónica o la DEHú con frecuencia o delega esa tarea en tu asesor.

Este es el calendario fiscal general para autónomos y pymes que presentan trimestralmente. Los trimestres se liquidan del 1 al 20 de abril, julio y octubre, y el cuarto trimestre del 1 al 30 de enero. Si domicilias el pago, el plazo termina unos días antes.

Las grandes empresas, los inscritos en el SII y otros colectivos presentan el IVA y las retenciones mensualmente. Si el último día de plazo es inhábil, se traslada al siguiente hábil.

Modelo 303. Cada trimestre declaras el IVA repercutido en tus facturas menos el IVA soportado deducible de tus gastos. Los tipos impositivos vigentes son el 21 % general, el 10 % reducido (hostelería, transporte de viajeros, algunos alimentos, etc.) y el 4 % superreducido (pan, leche, libros, medicamentos, etc.). Si el resultado sale a compensar, puedes arrastrarlo a trimestres posteriores o pedir la devolución en el último periodo del año.

Modelo 390. Es el resumen anual del IVA y se presenta en enero junto al 303 del cuarto trimestre. Están exonerados, entre otros, quienes llevan los libros a través del SII.

Modelo 349. Si compras o vendes bienes o prestas o recibes servicios de empresas de otros países de la UE, debes estar dado de alta en el Registro de Operadores Intracomunitarios (ROI) y declarar esas operaciones. Es mensual si las entregas y prestaciones superan 50.000 € en el trimestre o en alguno de los cuatro anteriores; en otro caso, trimestral.

IVA de caja (RECC). Permite no ingresar el IVA hasta que cobras la factura, con un tope: el 31 de diciembre del año siguiente al de la operación. Pueden acogerse quienes tengan un volumen de operaciones que no supere 2.000.000 € y no cobren en efectivo más de 100.000 € de un mismo cliente al año. Se opta a través del 036, la opción dura como mínimo tres años y las facturas deben incluir la mención «régimen especial del criterio de caja». Ojo: el IVA de tus compras tampoco lo deduces hasta que las pagas.

SII (Suministro Inmediato de Información). Obliga a enviar los registros de facturas a la AEAT en un plazo de cuatro días hábiles. Es obligatorio para las grandes empresas (volumen de operaciones superior a 6.010.121,04 €), los grupos de IVA y los inscritos en el registro de devolución mensual (REDEME); el resto puede acogerse voluntariamente. A cambio, quedan exonerados del 347 y del 390 y presentan el 303 mensual hasta el día 30 del mes siguiente. Con la implantación del SII desapareció también el antiguo modelo 340.

Obligaciones contables del IVA. Además de declarar, tienes que llevar los libros registro de facturas expedidas y recibidas y, en su caso, de bienes de inversión, y conservar las facturas. Si tienes un bar o restaurante, en las obligaciones fiscales de tu local de hostelería explicamos las particularidades del sector.

Retener es adelantar a Hacienda parte del impuesto de otra persona. Si pagas determinadas rentas, estás obligado a retener e ingresar esas cantidades aunque tú no seas quien tributa por ellas.

La facturación está regulada por el Reglamento de facturación (Real Decreto 1619/2012). Una factura completa debe incluir, como mínimo:

• Número y, en su caso, serie, correlativos.
• Fecha de expedición y, si es distinta, fecha de la operación.
• Nombre y apellidos o razón social, NIF y domicilio del emisor y del destinatario.
• Descripción de la operación, base imponible, tipo de IVA aplicado y cuota, por separado.
• Menciones especiales cuando proceda: operación exenta (con el precepto), inversión del sujeto pasivo, régimen especial del criterio de caja, etc.

Si tu cliente es empresario o profesional, la factura debe emitirse antes del día 16 del mes siguiente a la operación.

¿Cuándo vale el tique como factura? El tique es hoy una factura simplificada. Puedes emitirla cuando el importe no supere 400 € (IVA incluido), cuando se trate de una factura rectificativa, o hasta 3.000 € en determinados sectores como el comercio minorista, la hostelería, el transporte de personas, la peluquería o los aparcamientos. Si el cliente es empresario y quiere deducirse el IVA, la factura simplificada debe incluir su NIF y domicilio y la cuota de IVA desglosada.

Cómo recuperar el IVA de las facturas que no cobras. El artículo 80 de la Ley del IVA permite modificar la base imponible y recuperar el IVA ingresado si el crédito es incobrable. Los requisitos principales son:

• Que haya pasado un año desde el devengo sin cobrar (o seis meses, si tu volumen de operaciones no supera 6.010.121,04 € y así lo eliges).
• Que el cliente sea empresario o profesional o, si es un particular, que la base imponible supere 50 €.
• Que hayas reclamado el cobro judicialmente o mediante requerimiento notarial (o, si el deudor es un ente público, con la certificación correspondiente).
• Que emitas la factura rectificativa en los seis meses siguientes al fin de ese plazo y lo comuniques a la AEAT en el mes siguiente.

Si el cliente entra en concurso de acreedores, el procedimiento y los plazos son distintos. Lo explicamos con ejemplos en recuperación del IVA cuando el cliente es deudor.

Presentar fuera de plazo sin requerimiento de Hacienda. Si presentas el IVA, la Renta o cualquier autoliquidación con resultado a ingresar después del plazo y antes de que Hacienda te lo reclame, no hay sanción, pero sí un recargo (artículo 27 de la Ley General Tributaria, en la redacción de la Ley 11/2021):

• 1 % más otro 1 % por cada mes completo de retraso, hasta los 12 meses.
• 15 % a partir de los 12 meses, más intereses de demora desde ese momento.
• El recargo se reduce un 25 % si pagas la deuda y el recargo en plazo.

Si la declaración sale a devolver o es informativa, no hay recargo, pero puede haber sanción por presentación tardía, que se reduce cuando lo haces sin requerimiento. Si es Hacienda quien lo detecta primero, se abre un procedimiento sancionador y el coste sube mucho.

Tengo que pagar el IVA y no tengo dinero. Presenta siempre la declaración en plazo, aunque no puedas pagarla, y solicita a la vez el aplazamiento o fraccionamiento. Así evitas los recargos por presentación tardía.

• Las deudas de hasta 50.000 € pueden aplazarse sin aportar garantías (Orden HFP/311/2023), con plazos máximos habituales de 12 meses para sociedades y 24 meses para personas físicas. Se pagan intereses de demora.
• No se pueden aplazar las retenciones e ingresos a cuenta (modelos 111, 115 y 123) ni los pagos fraccionados del Impuesto sobre Sociedades (modelo 202).
• El IVA repercutido tampoco es aplazable por ley, salvo que acredites que no lo has cobrado. Por eso es importante documentar las facturas pendientes de cobro, sobre todo en el 303 del cuarto trimestre. En la práctica, la AEAT tramita de forma automatizada muchas solicitudes de IVA de hasta 50.000 €, pero no lo des por hecho.

Si te deniegan el aplazamiento y lo pediste en periodo voluntario, Hacienda te dará un nuevo plazo para pagar con intereses; si no pagas entonces, empieza el periodo ejecutivo con recargos de apremio. Las causas más frecuentes de denegación son pedir el aplazamiento de deudas inaplazables, no justificar las dificultades transitorias de tesorería o tener otras deudas pendientes.

Dos cambios van a transformar la forma de facturar de autónomos y pymes:

• VeriFactu (sistemas informáticos de facturación). El programa con el que facturas deberá garantizar la integridad e inalterabilidad de los registros y, opcionalmente, remitirlos a la AEAT en tiempo real. Tras el Real Decreto-ley 15/2025, convalidado por el Congreso, la obligación se aplica desde el 1 de enero de 2027 a los contribuyentes del Impuesto sobre Sociedades y desde el 1 de julio de 2027 al resto, incluidos los autónomos. Quienes están en el SII quedan fuera.
• Factura electrónica obligatoria entre empresas (Ley Crea y Crece). El Real Decreto 238/2026, publicado en el BOE el 31 de marzo de 2026, desarrolla la obligación de emitir y recibir facturas electrónicas en las operaciones entre empresarios y profesionales e informar de su estado de pago. Será exigible 12 meses después de la orden ministerial que fije los requisitos técnicos para empresas que facturen más de 8 millones de euros, y 24 meses después para el resto.
• Modelo 037 suprimido desde el 3 de febrero de 2025: las altas y modificaciones censales se hacen con el 036.

Revisa ya tu programa de facturación. Te lo contamos en detalle en VeriFactu y facturación electrónica para pymes y autónomos.

En Grupo Jenasa llevamos más de 40 años asesorando a empresas y autónomos de la Comunidad de Madrid desde Alcorcón. Nos ocupamos de tu calendario fiscal, de tus declaraciones y de las notificaciones de Hacienda para que tú te centres en tu negocio.

Normativa aplicable: Ley 58/2003, General Tributaria (arts. 27 y 65) · Ley 37/1992, del IVA (art. 80 y régimen especial del criterio de caja) · Ley 35/2006, del IRPF, y su Reglamento (RD 439/2007) · Ley 27/2014, del Impuesto sobre Sociedades · Real Decreto 1619/2012, Reglamento de facturación · Real Decreto 1065/2007, de gestión e inspección tributaria · Real Decreto 939/2005, Reglamento General de Recaudación · Ley 11/2021, de medidas de prevención y lucha contra el fraude fiscal · Real Decreto 1007/2023 (VeriFactu) y Real Decreto-ley 15/2025 · Ley 18/2022, de creación y crecimiento de empresas, y Real Decreto 238/2026 · Orden HFP/311/2023 · Orden HAC/1526/2024.

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